KLASIFIKASI MIKROBIA

Taksonomi adalah ilmu yang mempelajari cara identifikasi, pemberian nama dan pengelompokan jasad hidup ke dalam kategori yang di sebut takson. Oleh karena itu, taksonomi meliputi identifikasi, nomenklatur dan klasifikasi.

            Pada tahun 1700-an, Carolus Linnaeus menggolongkan jasad hidup atas dua dunia kehidupan, yaitu dunia plantae dan dunia animalia. Sistem yang di gunakan linnaeus menggolongkan tumbuhan dan hewan berdasarkan derajat kesamaannya. Biasanya cara klasifikasi yang di lakukan ialah mula-mula jasad hidup di golongkan ke dalam dunia, lalu ke divisio atau filum, terus ke dalam class, ordo, familia, genus, dan spesies. Semakin ke bawah semakin banyak kesamaannya.

            Linnaeus juga di anggap sebagai oramg pertama yang menggembangkan sistem penamaan  binomial. Setelah sistem pembagian dua dunia makhluk hidup oleh Linnaeus mantap lalu di sadari bahwa ternyata mikrobia seperti Fungi, Protozoa, dan Bakteri tidak sesuai di masukkan ke dalam dunia tumbuhan atau hewan.

            Pada tahun 1866, seorang pengikut Darwin yang bernama Ernst Haeckel menunjukkan dunia kehidupan ketiga untuk menampung mikrobia, yaitu dunia protista. Setelah di sadari bahwa bakteri secara mendasar sangat berbeda dengan mikroorganisme lain sehingga R. H. Whittaker  (1969) menunjukkan pembagian makhluk atas lima dunia yaitu Animalia, Plantae, Fungi, Protista dan Monera.

            Bakteri di golongkan ke dalam Monera, sedangkan Protozoa dan Alga Uniseluler di masukkan dalam Protista. Fungi menjadi dunia tersendiri. Semua tumbuhan masuk kedalam  Plantae, dan semua hewan masuk kedalam Animalia. Berdasarka klasifikasi Whittaker, virus tidak di anggap jasad hidup karena bersifat aseluler. Ada tiga sistem takson yang umum di gunakan dalam penentuan klasifikasi makhluk hidup yaitu:

1. Sistem Artifisisal (Utilitarian)
2. Sistem Filogenik
3. Sistem Numerik

Klasifikasi Bakteri

Bakteri :

Dari asal kata Bakterion (yunani = batang kecil). Di dalam klasifikasi bakteri digolongkan dalam Divisio Schizomycetes. Ukuran bakteri sangat kecil berkisar antara 0,5-5μm. Bakteri terbesar yang pernah ditemukan adalah Thiomargarita dengan lebar mencapai 750μm (0,75 mm) yang membuatnya bisa terlihat dengan mata telanjang

Fungsi dinding sel pada prokaryota, adalah melindungi sel dari tekanan turgor yang disebabkan tingginya konsentrasi protein dan molekul lainnya dalam tubuh sel dibandingkan dengan lingkungan di luarnya.

Cirri-ciri Umum:

Ø  Uniseluler, sel dapat tumbuh bergabung dengan sel-sel lainnya membentuk cluster, rantai, batang (rod), filamen, atau tingkat bakteria yang lebih tinggi (Actinomycetales) yang berupa miselium.

Ø  Memiliki dinding sel yang rigid (kaku) yang berfungsi untuk mempertahankan bentuk karakteristiknya seperti : coccus (bundar), basilus (batang), vibrio (koma), spiral maupun filamen.

Ø  Tubuh uniseluler (bersel satu)

Ø  Tidak berklorofil (meskipun begitu ada beberapa jenis bakteri yang memiliki pigmen seperti klorofil sehingga mampu berfotosintesis dan hidupnya autotrof

Ø  Reproduksi dengan cara membelah diri (dengan pembelahan Amitosis)

Ø  Habitat: bakteri hidup dimana-mana (tanah, air, udara, mahluk hidup)

Ø  Satuan ukuran bakteri adalah mikron (10-3)

Bentuk-Bentuk Bakteri

o   Kokus           : bentuk bulat, monokokus, diplokokus, streptokokus,stafilokokus, sarkina

o   Basil              : bentuk batang, diplobasil, streptobasil

o   Spiral             : bentuk spiral, spirilium (spiri kasar), spirokaet (spiral halus)

o   Vibrio            : bentuk koma

Alat Gerak Bakteri

Beberapa bakteri mampu bergerak dengan menggunakan bulu cambuk/flagel. Berdasarkan ada tidaknya flagel dan kedudukan flagel tersebut, kita mengenal 5 macam bakteri.

v  Atrich              : Bakteri tidak berflagel. contoh: Escherichia coli

v  Monotrich       :Mempunyai satu flagel salah satu ujungnya. contoh:
Vibrio cholera

v  Lopotrich        :Mempunyai lebih dari satu flagel pada salah satu
ujungnya. contoh: Rhodospirillum rubrum

v  Ampitrich        :Mempunyai satu atau lebih flagel pada kedua
ujungnya. contoh: Pseudomonas aeruginosa

v  Peritrich           :Mempunyai flagel pada seluruh permukaan tubuhnya.
contoh: Salmonella typhosa

Nutrisi Bakteri

1. Dengan dasar cara memperoleh makanan, bakteri dapat dibedakan menjadi dua:
   Bakteri heterotrof: bakteri yang tidak dapat mensintesis makanannya sendiri. Kebutuhan makanan tergantung dari mahluk lain. Bakteri saprofit dan bakteri parasit tergolong bakteri heterotrof.
2. Bakteri autotrofl bakteri yagn dapat mensistesis makannya sendiri. Dibedakan menjadi dua yaitu

1)      bakteri foto autotrof.

2)      bakteri kemoautotrof.

Kebutuhan Akan Oksigen Bebas

Dengan dasar kebutuhan akan oksigen bebas untuk kegiatan respirasi, bakteri dibagi menjadi empat:

1.      Bakteri aerob               : Memerlukan O₂ bebas untuk kegiatan respirasinya

2.      Bakteri anaerob           :Tidak    memerlukan   O₂   bebas   untuk   kegiatan respirasinya.

3.      Bakteri anaerob fakultatif        : Ada atau tidak ada oksigen masih bisa hidup

4.      Mikroaerofil                             : Memerlukan O₂ dalam jumlah yang sangat sedikit

Pertumbuhan Bakteri

Pertumbuhan Bakteri dipengaruhi oleh beberapa faktor :

1.      Temperatur, umumnya bakteri tumbuh baik pada suhu antara 25 – 35^o C.

2.      Kelembaban, lingkungan lembab dan tingginya kadar air sangat menguntungkan untuk pertumbuhan bakteri.

3.      Sinar Matahari, sinar ultraviolet yang terkandung dalam sinar matahari dapat mematikan bakteri.

4.      Zat kimia, antibiotik, logam berat dan senyawa-senyawa kimia tertentu dapat menghambat bahkan mematikan bakteri.

Bakteri Gram Positif

Bakteri gram-positif adalah bakteri yang mempertahankan zat warna metil ungu sewaktu proses pewarnaan Gram. Bakteri jenis ini akan berwarna biru atau ungu di bawah mikroskop, sedangkan bakteri gram-negatif akan berwarna merah atau merah muda. Perbedaan klasifikasi antara kedua jenis bakteri ini terutama didasarkan pada perbedaan struktur dinding sel bakteri.

Karakteristik utamanya adalah tebalnya lapisan peptidoglikan pada dinding sel. Akibatnya, pada saat prosedur pewarnaan Gram, meninggalkan warna biru. Dinding sel Gram positif biasa ditemukan pada Actinobacteria dan Firmicutes.

Contoh-contoh bakteri gram positif:

1. Bakteri gram positif patogen:

§  Bakteri bentuk kokus (Staphylococcus, Micrococcus, Streptococcus)

§  Bakteri bentuk batang membentuk endospora (Clastridium tetanii, Bacillus thuringiensis)

§  Bakteri Corynefrom (Corynebacterium diphteriae, Propionibacterium)

§  Mycobacterium (Mycobacterium tuberculosis, M. Leprae)

2. Bakteri gram positif nonpatogen

§  Nocardia (Norcadia asteriodes)

§  Sterptomycetes (Sterptomycetes griseus)

Bakteri Gram Negatif

Bakteri gram-negatif adalah bakteri yang tidak mempertahankan zat warna metil ungu pada metode pewarnaan Gram. Bakteri gram-positif akan mempertahankan warna ungu gelap setelah dicuci dengan alkohol, sementara bakteri gram-negatif tidak. Pada uji pewarnaan Gram, suatu pewarna penimbal (counterstain) ditambahkan setelah metil ungu, yang membuat semua bakteri gram-negatif menjadi berwarna merah atau merah muda. Pengujian ini berguna untuk mengklasifikasikan kedua tipe bakteri ini berdasarkan perbedaan struktur dinding sel mereka.

Banyak spesies bakteri gram-negatif yang bersifat patogen, yang berarti mereka berbahaya bagi organisme inang. Sifat patogen ini umumnya berkaitan dengan komponen tertentu pada dinding sel gram-negatif, terutama lapisan lipopolisakarida (dikenal juga dengan LPS atau endotoksin).

Tidak seperti dinding sel Gram positif, dinding sel Gram negatif memiliki lapisan peptidoglikan yang tipis. Hal ini menyebabkan lunturnya warna biru saat disiram etanol.

Contoh-contoh bakteri gram negatif:

1. Spirokaeta (Triponema pallidium, Leptospira interrogans dan Borrelia recurrentis)
2. Bakteri spiral dan vibrio (Spirillum, Campilobacter, Bdellovibrio)
3. Bakteri aerob berbentuk batang (Pseudomonas aeruginosa, Azotobacter dan Rizobium)
4. Bakteri gram negatif, anaerob fakultatif bentuk batang ( Salmonella thypi, Shigella dysentriae, E. Coli)
5. Bakteri gram negatif anaerob (Bacteriodes)
6. Bakteri gram negatif bentuk kokus dan kokobasilius (Neisseria gonorrhoeae, N. Meningitis, Moraxella catarrhalis)
7. Riketsiae ( Rickettsii, R. Prowazekii)
8. Chlamydia ( Chlamydia trachomatis dan Ch. Psittasi)
9. Mycoplasma ( Mycoplasma pneumoniae dan Spiroplasma)